Hay otros programas para encriptar pero ahora no recuerdo el nombre, pero el molebox es mas facil de usar.
Cuando el molebox crea el archivo exe tambien crea un archivo en txt no recuerdo el formato que guarda todos los archivos seleccionados, así cuando quieres volver a encriptar un mugen, solo abre el molebox y automaticamente reconoce todos los archivos seleccionados, y solo tienes que agregar los archivos que faltan para encriptar adecuadamente.